Wily Cápsula (ワイリーカプセル,Wairī Kapuseru?) de Mega Man 4, es el vehículo que el Dr. Wily utiliza tras la destrucción de la Wily Máquina Número 4, y es el primer modelo de este tipo de naves. Instalada con un sistema de detección infrarrojo, el Dr. Wily puede rastrear a Mega Man en la absoluta oscuridad; por lo que puede moverse sin ser detectado. Esta cápsula esta equipada con una pistola de energía de plasma, similar al que usaba el Intruder Prevention Shutter, atacando repentinamente desde la oscuridad.
Estrategia: Una vez dentro de la habitación de batalla, observa que toda la pantalla se ha oscurecido por completo, repentinamente, la Barra de Vida del jefe se recargará, en un destello en un algún al azar en la pantalla, la Wily Cápsula aparecerá por un fracción de segundos lanzando rápidamente 4 esferas de energía rodearon a la nave y se convertirán en una ráfaga de poder que irá en la dirección de Mega Man; la Wily Cápsula permanece en la misma ubicación de donde vino su ataque, así que puedes atacarla, sin embargo, cuando haga un nuevo ataque su posición se alterará, siendo que en ocasiones es imposible atacarla (se coloca por debajo de Mega Man). Debes utilizar el Pharaoh Shot, con el disparo cargado sólo necesitarás de 5 golpes, aunque usando el "fallo de programación", puedes golpearlo con la esfera 3 veces y lanzársela 2 veces. Tras ello, la Wily Cápsula estallará dejando al Dr. Wily disculpándose sobre el suelo.
Usa un sistema de detección por infrarojos para desplazarse en la más absoluta oscuridad. ¡Lucha con un arma que se pueda usar en cualquier dirección!.
4° estancia del Wily Castillo. Zona secreta de la fortaleza del Dr. Wily, el subterráneo; se esconde aquí ya que no dispone de ningún robot más, por lo que sólo dispone de su último vehículo, la Wily Cápsula.
*Para los valores del Mega Buster, y el Pharaoh Shot, el primer dígito es el disparo común; el segundo, es la forma cargada.
Curiosidades
Sobre la Wily Cápsula de Mega Man 4, a diferencia de su sucesoras, no es un método de escape instalado en alguna Wily Máquina. Sin embargo, la Wily Máquina Número 4, tiene una cápsula de escape que viene a ser una nave más pequeña de color celeste, pero sin ningún propósito de ataque como una verdadera "Wily Cápsula".