Omega durante las Guerras Élficas.
Las Guerras Élficas (妖精 戦 争 Yōsei Sensō) fueron una serie de batallas extremadamente sangrientas que marcaron el cierre de las Guerras Maverick, un siglo antes de los eventos de la Saga Zero. Es considerada como la peor guerra de la historia, y fue nombrada así por la explotación de muchos Ciber-elfos en el conflicto. Aunque las Guerras Élficas duraron solo cuatro años, aproximadamente el 90% de todos los Reploides y el 60% de todos los humanos fueron aniquilados. Los eventos de las Guerras Élficas están directamente relacionados con la historia de la Safa Zero.
Preludio[]
Después de que X usó a la Mother Elf para eliminar el Virus Sigma, el número de Mavericks disminuyó significativamente. Fue en este punto que el científico humano Dr. Weil propuso el Proyecto Elpizo: un plan para controlar todos los Reploides combinando las habilidades de reescritura de la Mother Elf con un Reploide creado para ser el gobernante perfecto. Aunque X se opuso a esta operación y a la "filosofía de gobierno" del Dr. Weil con su propia "filosofía de la coexistencia", el miedo a una guerra duradera resultó en un apoyo creciente para el Proyecto Elpizo.
Para promover su propia agenda secreta de un nuevo orden mundial con él como gobernante, el Dr. Weil instigó las Guerras Élficas al robar a la Mother Elf y corromperla con una "maldición" que la convirtió en la Dark Elf. El Dr. Weil luego creó los Baby Elves, copias infantiles de la Dark Elf que usó para hacer que los Reploides se convirtieran en Mavericks y luchasen entre sí a gran escala, sumergiendo al mundo en el caos. Con el apoyo total del gobierno humano, el Dr. Weil continuó el Proyecto Elpizo e intentó ejercer un control total sobre todos los Reploides en el mundo combinando a la Dark Elf con el reploide Omega. Omega fue construido a partir del cuerpo de Zero (que estaba en estasis en ese momento), ya que el Dr. Weil creía que un cuerpo inmune a las infecciones sería el arma perfecta para poner fin a las Guerras Maverick.
Clímax[]
El cerebro (o alma) de Zero no estaba en su cuerpo, y se le dio un nuevo cuerpo para ayudar en la lucha contra Weil. X continuó luchando contra Mavericks y eliminando a los malvados Baby Elves, hasta que Zero se unió a él. Juntos, X y Zero trabajaron para capturar a la Dark Elf y finalmente usaron su poder para cambiar el rumbo de la batalla. Cuando la guerra alcanzó su tramo final, el Dr. Weil desató a Omega en el campo de batalla, revelando sus verdaderas ambiciones al mundo. Bajo las órdenes del Dr. Weil, Omega, apoyado por un ejército de Golems, mató a innumerables humanos y Reploides por igual.
Después de una larga lucha, X y Zero derrotaron a Omega con un Final Strike y Weil fue detenido justo antes de que pudiera combinar Omega con la Dark Elf, poniendo fin a cuatro años de un devastador conflicto.
Epílogo[]
Aunque Omega logró sobrevivir la batalla, el fue sentenciado al exilio perpetuo en la órbita de la Tierra dentro del Arca Prohibida, mientras que el Dr. Weil fue castigado de una manera similar pero sin precedentes: lejos del público, los supervivientes humanos modificaron el viejo cuerpo de Weil, convirtiéndolo en un cyborg envuelto en una armadura regenerativa. Los recuerdos del Dr. Weil se convirtieron en datos para que nunca olvidara lo que había hecho, y fue desterrado, condenado a sufrir por la eternidad en los páramos de la guerra.
Aunque Zero luchó con valentía en las guerras, temía que su presencia hiciera que la historia se repitiera y regresara voluntariamente a la estasis. X pasó a crear la ciudad de Neo Arcadia (llamada así por la organización de las Guerras Élficas) para finalmente traer paz y estabilidad a los sobrevivientes. Todos los registros existentes de las Guerras Élficas y los crímenes cometidos por el Dr. Weil fueron finalmente eliminados en lugares como la Biblioteca Hundida para proteger la reputación del gobierno de la utopía prohumana. Con el tiempo, la gente de Neo Arcadia olvidaría al Dr. Weil y su pecado, y X continuó gobernando Neo Arcadia hasta el día en que se vio obligado a sacrificar su propio cuerpo para mantener a la Dark Elf sellada en Yggdrasil.